一種低表面缺陷密度之磊晶基板的製造方法：先自一晶格不匹配的基材側向磊晶，形成一具有複數缺陷處且表面缺陷降低的第一磊晶層，再自該第一磊晶層平面進行缺陷選擇性蝕刻，將該等缺陷處蝕刻出複數第一凹洞，使該第一磊晶層具有一界定該等第一凹洞的磊晶層平面，該等第一凹洞的徑寬彼此相近，然後形成一填滿該等第一凹洞的阻擋層，以阻隔差排向上延伸，再利用化學機械研磨法均勻地移除多餘阻擋層，至該磊晶層平面裸露並使得其更加平坦，而使該磊晶層平面與剩下的該阻擋層表面共同定義出一完整且平坦的磊晶基面。