一種磊晶基板的製造方法包含以下步驟：先形成一圖樣化膜層於一基板上，使基板露出部分預定區域，接著自基板側向磊晶形成一缺陷處呈週期性的第一磊晶層，然後塗佈光阻於第一磊晶層並以圖樣化膜層為光罩，將光阻圖樣化進而形成複數第一凹洞於第一磊晶層，利用複數阻擋塊填滿第一凹洞，再自第一磊晶層與阻擋塊共同構成的平面磊晶形成一第二磊晶層，接續蝕刻移除阻擋塊與該圖樣化膜層，弱化該第一磊晶層的結構，以利蝕刻移除第一磊晶膜並將基板自第二磊晶膜剝離，利用弱化結構的第一磊晶膜有效提高移除效率。