一種具蝕刻停止層的磊晶結構的製造方法包含以下步驟：首先，於第一基板上成長一圖樣化犧牲層，該第一基板部分面積露出，未受該圖樣化犧牲層遮蓋，接著，於該第一基板部分露出面積與圖樣化犧牲層上，側向磊晶成長一暫時磊晶層，而後，於該暫時磊晶層上成長一蝕刻停止層，再來，於該蝕刻停止層上成長一磊晶結構層，透過該蝕刻停止層形成於該磊晶結構層的下方，因此，後續在蝕刻移除該圖樣化犧牲層、該暫時磊晶層時，不至過度蝕刻該磊晶結構層，進而維持光電元件品質。