本發明係提供一種細胞胞器篩選裝置及以其採集細胞胞器之方法，其中，該細胞胞器篩選裝置係透過設計流道組之尺寸，藉由壓力推擠細胞通過流道組，並且，流道壁給予細胞一反向阻力，使細胞被擠壓變形而破裂，將其內胞器釋放至流道內進行篩選，以達到收集目標胞器之功效。據此，藉由本發明所揭細胞胞器篩選裝置及以其採集細胞胞器之方法，係能夠達到大幅增加收集目標胞器之效率，並且分離出完整且未受污染之目標胞器之功效。